巴拿马主要港口位于巴拿马运河两端，重要港口如下：

1. 科隆港（Colón Port） - 位于加勒比海侧：

• 包括：Manzanillo International Terminal (MIT)、Cristobal Port、Colon Container Terminal (CCT)

• 是拉美主要集装箱中转港之一

2. 巴尔博亚港（Balboa Port） - 位于太平洋侧：

• 是巴拿马运河太平洋出入口

• 由PSA Panama、APM等运营，集装箱量大

这些港口常作为中南美洲与亚洲、欧洲之间的转运枢纽。